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盘点2016年测个基因组就发表在CNS上的文章

时间:2016-12-22 08:25 作者:生物观察
 

 

 


人类基因组工作草图的发表至今已有15年了,各物种的全基因组也相继出炉。二代测序更是让基因组测序变得易如反掌。现在测个序还能发CNS文章?是异想天开吗?回顾2016年CNS的文章,结果是肯定的。现在测序能做的不光是测基因组和转录组,基因组的数据甚至可以和蛋白组联合起来一起分析。我们就在这篇文章中盘点一下本年度通过大规模测序发表在CNS上的文章,看看最新的研究趋势是什么。1基因组
基因组测序能发表在CNS上的研究都是有重大科学价值的,测基因组就要看你测什么?为什么测?怎么测了。本年度单纯的全基因组测序CNS文章就有7篇,其中三篇是封面文章,这7篇文章都有一定特点:样本珍稀:5000多年前的冰木乃伊;进化地位独特:从海洋到陆地又回到海洋的鳗草;特殊体型、雄性育儿的海马;技术的里程碑:长测序完成大猩猩基因组;第三代测序发表最连续的人类基因组。特殊环境:污染水域近400条大西洋锵的全基因组测序;大量样本:10个不同类型生境、世界各地3,042个样本中125,000多个病毒序列。Science: 5300年前的病原体基因组Science 和Nature相继报道了科研人员从距今5000多年前的冰木乃伊中提取了最古老的病原体全基因组。该研究登载在1月7日的Science上。这项研究解决了一个重要的问题是,现代欧洲人携带的混合幽门螺杆菌菌株是什么时候出现的。特殊进化地位让鳗草基因组登上Nature封面对海洋的开花植物鳗草(Zostera marina)基因组的测序与研究,阐明了海洋藻类如何进化为陆地植物而后又如何回到大海。2月18日Nature分别以封面故事,研究报告和新闻展望三种方式报导了鳗草全基因组测序的分析结果。这项研究标志着来自世界各地35名科学家的8年工作成果,不仅帮助植物学家剖析鳗草的演变,也促进对一般开花植物进化的理解。中国科学家的成果登上Nature封面:破译海马基因组中国科学院南海海洋研究所研究员林强课题组主导,德国、新加坡、华大基因等实验室共同完成的研究论文作为封面故事和长论文发表在2016年12月15日的Nature上。林强研究团队对虎尾海马进行了基因组测序和分析,得知海马是目前已获得全基因组鱼类中进化速率最快的物种。分析显示海马基因丢失与失去牙齿和骨盆鳍有关,其基因复制而新产生的基因让雄性怀孕成为可能,调控原件消失改变了骨架,实现以骨板保护支持身体。Science封面:基因组长测序获突破性进展Gordon等人运用长读长测序技术提高了我们的近亲大猩猩基因组数据,文章发表在4月1日的Science上。从一个单个的个体减少了装配的片断并恢复了以前遗漏的基因和非编码基因位点。长读长测序技术变得很实用,使得个别实验室产生高质量的复杂的哺乳动物基因组成为可能。Nature:借助第三代测序韩国发表最连续人类基因组国立首尔大学医学院的研究人员和美国被誉为“测序黑马”的公司——10x Genomics联合运用去年新发售的GemCodeTM测序平台以及第三代测序PacBio单分子实时测序平台在10月13日的Nature上发表了一项新的研究,对一名韩国人的基因组进行从头组装和单倍体型定相信息分析。这是迄今为止发表的最为连续的人类基因组组装。作者填补了特异人群参考基因组的空白,并确定了结构变异。Science:基因组测序显示鱼类快速进化以适应污染12月9日发表在Science杂志上的一篇文章报道了对生活在美国四个污染的东海岸区域的近400条大西洋锵进行的全基因组测序,研究结果显示:研究小组的遗传分析表明大西洋锵的遗传多样性使它们能特别好地适应,在完全改变了的栖息地生存。在遗传水平上,耐受型群体以高度相似的方式进化。这表明这些鱼已经携带了那些让它们适应污染位点的遗传变异,并且可能已经进化出一些针对污染的解决方案。Nature重大成果:揭示125000个病毒基因组在发表于8月17日Nature上的一项研究中,美国能源部联合基因组研究院(DOE JGI)的研究人员分析了从DOE JGI综合微生物基因组与微生物组样品数据管理和分析系统获得的,来自10个不同类型生境、世界各地3,042个样本的超过5万亿碱基的序列。他们努力筛查大堆的数据集,生成了包含279万个蛋白的125,000多个病毒序列。将病毒序列数量提高了50倍,鉴别出的99%的病毒家族都与以往测序的病毒没有密切关系,构建出了第一个全球病毒分布图。